歷史上，C 語言的實作方式差異很大，許多系統也缺乏 ANSI/ISO C89 的完整實作。然而，現今所有實用的系統都配備了 C89 編譯器，而 GNU C 幾乎支援了所有的 C99 以及部分的 C11 標準。同樣地，大多數系統實作了 POSIX.1-2001 的函式庫和工具，許多系統也實作了 POSIX.1-2008。
因此，現在幾乎沒有理由再去支援舊的 C 語言或非 POSIX 系統，您應該可以善用標準 C 和 POSIX 來編寫更清晰、更易於移植或更快速的程式碼。您應該盡可能使用標準介面；但是，如果 GNU 擴充功能能讓您的程式更易於維護、更強大或更好，請不要猶豫使用它們。無論如何，不要自行宣告系統函數；那樣做很容易造成衝突。
儘管有這些標準，幾乎每個函式庫函數在某些系統上都存在某種可移植性問題。以下是一些範例：
open名稱結尾帶有 / 的在許多平台上會被錯誤處理。
printflong double 可能未實作；浮點數值 Infinity 和 NaN 經常被錯誤處理；高精度的輸出可能不正確。
readlink可能會回傳 int 而不是 ssize_t。
scanf在 Windows 上，失敗時不會設定 errno。
Gnulib 在這方面提供了很大的幫助。Gnulib 在許多缺乏標準介面的系統上提供了標準介面的實作，包括增強型 GNU 介面的可移植實作，從而使其使用具有可移植性，以及 POSIX-1.2008 介面的實作，其中一些介面甚至在最新的 GNU 系統中也缺失。
Gnulib 也提供了許多有用的非標準介面；例如，標準資料結構（雜湊表、二元樹）的 C 語言實作、用於記憶體配置函數（xmalloc、xrealloc）的錯誤檢查型別安全包裝函式，以及錯誤訊息的輸出。
Gnulib 與 GNU Autoconf 和 Automake 整合，以減輕程式設計師編寫可移植程式碼的大部分負擔：Gnulib 使您的 configure 腳本自動確定缺少哪些功能，並使用 Gnulib 程式碼來提供缺少的組件。
Gnulib 和 Autoconf 手冊中有關於可移植性的廣泛章節：《Gnulib》簡介 以及 《Autoconf》中的可移植 C 和 C++。請查閱它們以獲得更多詳細資訊。